Mens eMule afvikles bruges en stor mængde filer. Hvis disse ikke allerede eksisterer laves de første gang eMule startes. De fleste filer findes i eMules 'config' mappe, mens resten er at finde enten i eMules 'Temp' mappe eller installationsmappen.

• Known.met
  Known.met filen gemme oplysninger om alle filer eMule kender, hvad enten det er delte filer eller nuværende downloads. For hver fil gemmes information som størrelse, filnavn, hash sets, hash værdier og noget statistik.
  
  
• Known2_64.met
  Known2_64.met filen gemme oplysninger hash værdier for hver fil i forbindelse med eMules Advanceret Intelligent Korruptionsbehandling (AICH).
  
  
• Clients.met
  Denne fil gemmer alle brugere der har kredit ved din eMule.
  
  
• Clients.met.bak
  Denne fil indeholder en backup af ovenstående fil.
  
  
• Server.met
  Indeholder alle kendte servere.
  
  
• Webservices.dat
  I denne fil har du mulighed for selv at indbygge funktionalitet i eMule i forhold til hjemmesider. Filen kan åbnes med en teksteditor som f.eks. Notesblok og indeholder en forklaring til funktionaliteten.
  
  
• Statistics.ini
  Den fil indeholder alt statistik der vises i eMules statistikvindue.
  
  
• Emfriends.met
  Hvis brugere er tilføjet til eMules venneliste gemmes de i denne fil.
  
  
• Preferences.ini
  Her gemmes alle indstillinger der er foretaget i eMules Indstillinger samt information om brugerfladen som f.eks. kolonnebredde.
  
  
• Fileinfo.ini
  Kommentarer eller vurderinger af dine egne delte filer.
  
  
• Category.ini
  Gemmer indstillingerne til dine kategorier som f.eks. navn, kommentarer og farvevalg.
  
  
• Ipfilter.dat
  Denne fil indeholder IP områder samt adgangsniveauer der skal filtreres af eMule. Du kan finde mere information om ip filtrering her.
  
  
• Onlinesig.dat
  Online signaturen er en lille fil, der indeholder den server eMule er forbundet til samt upload- og downloadstatistik. Kan bruges i IRC scripts og billeder til signature.
  
  
• Preferences.dat
  Her gemmes brugerhashet. Dette er en værdi, der udregnes første kan eMule startes og bruges til at identificere klienten på netværket. Bruges til kreditsystemet og til venner.
  
  
• Sharedir.dat
  Indeholder stierne til alle delte mapper.
  
  
• cancelled.met
  Indeholder information om de filer du har annuleret.
  
  
• Staticservers.dat
  Statiske servere skifter aldrig IP adresse og er teoretisk altid online på netværket. Ved at højreklikke på en server kan du tilføje servere til denne liste.
  
  
• Addresses.dat
  eMule opdaterer sin serverliste ved opstart af programmet hvis denne fil indeholder korrekte adresser til server.met filer. I eMules Indstillinger -> Servere er der mulighed for via en knap at redigere denne liste og ændre indstillinger for opdateringen ved opstart. Filen må indeholde flere adresser (en for hver linie), men kun den første linie med korrekt adresse til en server.met fil bruges.
  
  
• AC_SearchStrings.dat
  Hver søgeudtryk der bruges i eMule gemmes i denne fil og ved nye søgeudtryk fordigøres disse hvis de minder om allerede fortagede søgning.
  
  
• AC_ServerMetURLs.dat
  Samme princip som ovenstående fil bortset fra at denne fil gemmer indtastede adresser til server.met filer.
  
  
• AC_BootstrapIPs
  Samme princip som ovenstående fil bortset fra at denne fil gemmer indtastede IP adresser til brug ved bootstrap i Kad netværket.
  
  
• Cryptkey.dat
  Indeholder den unikke 384bit private RSA nøgle til din eMule klient.
  
  
• eMule.tmpl
  Filerne med endelsen .tmpl er nødvendige for at kunne bruge eMules webinterface. De definerer layout og indstillinger i de viste sider.
  
  
• xxx.part
  Filerne med endelsen .part er endnu ikke færdige downloads i eMule. eMule downloader fra mere end én bruger af gangen, så .part filerne har altid størrelsen fra den endelige download. Manglende dele udfyldes med nuller. I nyere version og ved brug af NTFS filsystemet har du mulighed for at dele dine ikke komplette downloads som 'sparse', hvilket modvirker den nævnte opførsel og derved spare plads på din harddisk.
  
  
• xxx.part.met
  Enhver .part fil har en tilhørende .part.met fil. For at identificere downloads på netværket og checke for fejl opdeles alle downloads i dele af 9,28MB. For hver del udregnes en såkaldt hash værdi. Derefter udregnes en ny hash værdi for alle del hash værdierne. Denne information sammen med filnavnet og status på alle de forskellige hash gemmes i .part.met filer.
  
  
• xxx.part.met.BAK
  En backup af hver .part.met fil generes og gemmes, da det er kritisk hvis disse filer bliver korrupte ved en fejl.
  
  
• eMule.log
  Her gemmes loggen du kan se i Server vinduet, hvis dette er aktiveret i eMules Indstillinger -> Advanceret.
  
  
• eMule_Debug.log
  Her gemmes debug_loggen du kan se i Server vinduet, hvis dette er aktiveret i eMules Indstillinger -> Advanceret.
  
  

Baseret på eMules officielle dokumentation